A área de abrangência do PLDM propriamente dito é composta por duas baías (área estuarina protegida) e área marinha (externa e exposta), objetos de estudo do PLDM/PR. A Baía de Paranaguá está localizada nos municípios de Guaraqueçaba, Antonina, Morretes, Pontal do Paraná e Paranaguá. Ela compreende todo o Complexo Estuarino de Paranaguá (CEP – que é composto por um conjunto de baías em seus eixos principais Leste-Oeste e Norte-Sul) e sua área é igual a 585,11km².

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