Assim, como no Paraná, no estuário do Rio Piauí também foram definidas áreas de exclusão. Áreas com impedimentos legais, como: as Unidades de Conservação de Proteção Integral ou que restrinjam a aquicultura em seus Planos de Manejo ou entorno, os Zoneamentos Ecológicos Econômicos, os Planos Diretores Municipais e o Projeto Orla. E, locais com impedimentos técnicos, como as áreas: com velocidade de corrente superior a 1,0 m/s; com profundidade abaixo de 1,0 m (na condição de preamar); com largura margem a margem inferior a 15 m e de lançamento concentrado de efluentes. Além disso, na etapa final para avaliação de áreas por sistema de cultivo fixo, empregou-se o critério de exclusão daquelas áreas com fundo consolidado e profundidade de 1 a 3 m (condição de preamar).