Por ser uma atividade bastante diversificada, e que engloba o cultivo de espécies de vários grupos filogenéticos, tais quais macroalgas, crustáceos, répteis, anfíbios e peixes marinhos, os sistemas de cultivo são os mais variados possíveis. As particularidades desses sistemas podem variar em função do animal e/ou vegetal alvo, da fase de vida dos mesmos, das características ambientais do local em que as estruturas de cultivo serão instaladas, da escala de produção, do mercado, da acessibilidade à tecnologia e aos recursos para investimento e custeio, da disponibilidade de infraestrutras de apoio à produção e de mão-de-obra e do grau de tecnificação e intensificação a ser empregado no cultivo.

 

Para o cultivo de uma mesma espécie pode-se encontrar uma série de sistemas diferentes, além de diversas variações e adaptações dos mesmos, em função de regionalidades e das experiências adquiridas por cada aquicultor em particular. As diferenças podem consistir desde simples detalhes como, por exemplo, o tipo de amarração e disposição de travesseiros ou cordas  em um mesmo tipo de estrutura de cultivo, até a notável dessemelhança entre cercados de cultivo extensivo de peixe, manejados por pequenas embarcações, em processos quase que exclusivamente manuais, quando comparados aos tanques-rede de grande volume instalados em mar aberto,  operados a partir de embarcações e balsas oceânicas, com automatização quase total.