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O conhecimento da ecologia é essencial para um melhor entendimento da patogenicidade e oportunismo em fungos do grupo das leveduras negras. Embora os agentes etiológicos de doenças causadas por estes fungos devam ter origem no ambiente, o seu isolamento na natureza é difícil. Isso ocorre, provavelmente, devido à sua natureza oligotrófica, à baixa capacidade competitiva, e, em geral, a insuficiência de dados nos seus habitats naturais. Foram obtidas amostras em áreas de mangue em que fossem relatadas mortalidades pela doença do caranguejo letárgico (DCL) e em áreas de mangue sem registros da doença. O isolamento de fungos negros Chaetothyriales foi realizado utilizando um protocolo altamente seletivo. Primers espécie-específica foram utilizados para determinar se estes isolados representam Exophiala cancerae ou Fonsecaea brasiliensis, dois agentes comprovados da DCL, com o intuito de testar hipóteses sobre a origem da doença. Isolados, identificados morfologicamente como Fonsecaea ou Exophiala, foram analisados com os marcadores específicos para a levedura que causa a DCL. Apesar de encontrados muitos fungos negros isolados, o principal agente causador da DCL, E. cancerae, não foi localizado. Marcadores moleculares para F. brasiliensis revelaram 10 bandas positivas para isolados provenientes de biofilmes em folhas de mangue, galhos e raízes aéreas, das quais quatro foram confirmados por sequências ITS. A ausência de E. cancerae em amostras ambientais sugerem que essa espécie é dependente do caranguejo, como uma espécie patogênica, diferente de F. brasiliensis, que provavelmente não é dependente da espécie hospedeira, U. cordatus. No entanto, não foi testado o isolamento em águas marinhas, que pode ser um caminho de dispersão das espécies de leveduras negras entre manguezais vizinhos. 

 

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