O GIA conta hoje com uma invejável e muito bem aparelhada estrutura física, composta  basicamente por três laboratórios: o Laboratório de Histologia e Microbiologia, o Laboratório de Pesquisa com Organismos Aquáticos e o Laboratório  de Ecologia Molecular e Parasitologia Evolutiva.

O Laboratório  de Ecologia Molecular e Parasitologia Evolutiva (LEMPE):  As novas instalações do LEMPE estão em fase final de construção. O laboratório passará agora a contar com uma estrutura física de 240m2, muito bem equipada com o que há de mais moderno no país para a realização de trabalhos na área de genética ambiental. O laboratório tem sido intensamente utilizado em estudos de problemas ambientais de alta complexidade. Através do LEMPE foi identificada e estudada a Doença do Caranguejo Letárgico (DCL) que afetava caranguejos do litoral brasileiro há mais de 10 anos sem que ninguém sequer chegasse perto de descobrir sua causa.

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Laboratório de Histologia e Microbiologia (LHM): Em uma estrutura de 120 m2 funciona um moderno laboratório capaz de realizar diversas análises químicas, histológicas e microbiológicas. O Laboratório dá apoio aos trabalhos de avaliação de impactos ambientais, além de realizar as análises microbiológicas das ostras produzidas pelos produtores associados ao Projeto Cultimar.

Laboratório de Pesquisa com Organismos Aquáticos (LAPOA): Conta com uma estrutura de 600 m2 e está equipado para a realização de larviculturas de diferentes espécies de organismos aquáticos, inclusive organismos marinhos, apesar de Curitiba estar localizada a mais de 100 km do mar. Atualmente o LAPOA está sendo remodelado e estruturado para a realização de ensaios biológicos direcionados tanto à avaliação de impactos ambientais quanto ao desenvolvimento de novas tecnologias de produção de larvas de organismos aquáticos.