Seguramente um dos pontos mais complexos deste trabalho foi a indicação de quais espécies apresentam condições técnicas, legais, biológicas e tecnológicas para serem cultivadas imediatamente e nas escalas compatíveis com o zonemento aquícola. 

Com o objetivo de avaliar as espécies mais indicadas para o cultivo, 22 espécies marinho-estuarinas foram estudas. Destas, cinco foram classificadas como “emergentes”, neste caso, com o intuito de designar as espécies que reúnem atualmente mais condições estruturais, ambientais, comerciais e técnicas para serem empregadas em cultivos comerciais a serem realizados em áreas estuarinas e marinhas. São elas: a ostra-do-mangue, Crassostrea brasiliana, a ostra japonesa, Crassostrea gigas, o mexilhão Perna perna, a vieira, Nodipecten nodosus e o Bijupirá, Rachycentron canadum, a macroalga Kappaphycus alvarezii. Todos os estudos envolvidos no presente trabalho foram direcionados a essas espécies, inclusive o zoneamento aquícola proposto.