Em paralelo aos estudos para identificação de áreas para implantação de sistemas específicos de cultivo direcionados a cada uma das seis espécies consideradas “emergentes”, realizou-se o estudo de fatores que podem influenciar diretamente no processo de viabilização de parques aquícolas demarcados e instalados: a identificação e o mapeamento das áreas de potenciais conflitos com outros usuários ou atividades, bem como a identificação de pontos mais significativos de poluição ou de risco de poluição ambiental.

Como áreas de conflitos foram consideradas aquelas para as quais não há impedimento de ordem legal à implantação de parques aquícolas, mas que podem implicar  em conflitos de propósitos (declarados ou tácitos) com outros usuários dos ecossistemas aquáticos ou com atividades que, ainda que realizadas em terra, possam comprometer a viabilidade dos empreendimentos aquícolas que vierem a ser instalados. 

Ao contrário das áreas de exclusão, áreas de conflito não são impeditivas à demarcação e à ocupação dos  parques aquícolas. Entretanto, esse processo pode implicar na necessidade de discussões, negociações e mediações de eventuais conflitos com os demais usuários dos ambientes e dos recursos aquáticos.

Exemplos de conflitos potenciais avaliados: áreas onde já há projetos de aquicultura legalmente instalados; a existência de pontos de lançamento de efluentes; locais onde há riscos de acidente ou de contaminação ambiental (por exemplo, postos de gasolina, cemitérios, atividades agropecuárias); pontos onde existam recifes artificiais licenciados e instalados; unidades de conservação (com ou sem plano de manejo aprovado); zonas de prática regular de esportes náuticos; áreas de pesca; áreas indígenas (demarcadas ou não); assentamentos rurais.

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